薬局・調剤薬局の年間税務カレンダー【2026年版】
申告前提
個人事業主・12月決算を前提
月別イベント
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薬局・調剤薬局の経営では、2年ごとの調剤報酬改定、医薬品の厳格な在庫管理、高額な調剤機器の導入、そして薬剤師の人件費など、業界特有の複雑な経理・税務課題に直面します。本カレンダーは、個人事業主の薬局経営者を対象に、2026年の年間を通して必要な税務申告や届出のスケジュールを解説。適切な会計処理と計画的な準備で、安心して事業運営できるようサポートします。個別の税務判断については、必ず税理士等の専門家にご相談ください。
1月
年末年始の休業明けで医薬品の仕入れや棚卸作業が落ち着く時期です。確定申告に向けた資料整理を早期に開始しましょう。
前年分の法定調書提出
税務署へ給与所得の源泉徴収票や報酬、料金、不動産の使用料等の支払調書を提出します。薬剤師や事務員の給与、外部委託費などが対象です。
フリーランス薬剤師への報酬や、外部コンサルタントへの支払がある場合は支払調書が必要です。記載漏れがないか確認しましょう。
償却資産申告書の提出
土地や家屋以外の事業用資産（調剤レセコン、自動分包機、医療用冷蔵庫、薬局設備など）について、1月1日時点の所有状況を申告し、固定資産税（償却資産税）の課税対象を確定します。
高額な調剤機器や電子薬歴システムは償却資産に該当します。リース資産の場合は所有権留保の有無を確認し、どちらが申告義務を負うか契約書で確認してください。
2月
確定申告の準備で多忙になる時期です。医薬品の在庫評価や、リース契約の支払状況、薬剤師会費の勘定科目区分など、薬局特有の論点を再確認しましょう。
確定申告の準備本格化
年間を通じての売上（調剤報酬、一般用医薬品売上等）と経費（医薬品仕入高、人件費、地代家賃、リース料、消耗品費など）の集計を最終確認し、青色申告決算書や確定申告書Bの作成を進めます。
保険調剤売上は非課税、一般用医薬品売上は課税売上となるため、消費税の申告義務がある場合は売上を明確に区分して集計しておくことが重要です。
3月
今月確定申告の最終期限です。申告書の提出だけでなく、納付も忘れずに行いましょう。この時期に会計帳簿の最終チェックを完了させます。
所得税確定申告・納付
前年分の所得税の確定申告書を提出し、税額を納付します。青色申告特別控除（最大65万円）を適用するためには、複式簿記による記帳とe-Taxでの申告が必要です。
調剤報酬改定の動向によっては収益が変動しやすいため、計画的な納税資金の準備が不可欠です。
消費税申告・納付（個人事業主）
課税事業者である個人事業主は、前年分の消費税の確定申告書を提出し、税額を納付します。保険調剤は非課税売上、OTC販売は課税売上として区分が必要です。
インボイス制度により、仕入れに係る消費税額控除のためには適格請求書の保存が必須です。医薬品卸からの請求書が適格請求書になっているか確認しましょう。
4月
新年度の始まりです。調剤報酬改定があれば、その内容をスタッフ全体で共有し、業務フローと会計処理への影響を評価する重要な時期です。
調剤報酬改定内容の確認と対応
4月は調剤報酬改定の実施月となることがあります。改定内容を正確に把握し、調剤レセコンの設定変更や会計システムでの売上計上区分への影響を確認します。
地域支援体制加算の要件変更や、後発医薬品の使用促進策など、改定内容は経営に直結します。会計への影響を税理士と相談し、早めに対応しましょう。
5月
ゴールデンウィーク期間中の営業体制と、それに伴う医薬品の在庫調整に留意しつつ、納税スケジュールを確認しましょう。
固定資産税・都市計画税（第1期）納付
薬局の土地や建物にかかる固定資産税・都市計画税の第1期分の納付期限です。納付書は4月〜5月に送付されます。
門前薬局など立地が良い場所は賃料だけでなく固定資産税も高額になる傾向があります。納税資金の準備を怠らないようにしましょう。
6月
梅雨の時期で体調を崩しやすい患者様が増えるかもしれません。医薬品の需要変動を予測し、適切な在庫管理に努めましょう。
住民税（第1期）納付
前年分の所得に応じた住民税の第1期分の納付期限です。納付書は5月〜6月に送付されます。
従業員の特別徴収分がある場合は、給与から天引きした住民税を忘れずに納付しましょう。
7月
夏休みシーズンに入り、医薬品の需要変動やスタッフの休暇調整が必要になる時期です。キャッシュフローに影響がないか確認しましょう。
源泉所得税の納付（納期特例適用者）
従業員が10人未満の場合に適用される納期特例を利用している事業者は、1月から6月までの源泉所得税をまとめて納付します。
薬剤師や調剤事務員の給与は比較的高額になる傾向があるため、源泉徴収税額も大きくなりがちです。資金繰りに注意しましょう。
労働保険の年度更新
前年度（4月1日〜3月31日）の賃金総額に基づき、労働保険料（労災保険・雇用保険）を確定・精算し、新年度の概算保険料を申告・納付します。
薬剤師の採用・離職状況により賃金総額が変動します。正確な計算を行い、過不足なく申告しましょう。
所得税の予定納税（第1期）
前年分の所得税額が15万円を超える場合に、原則として本年分の所得税の一部を前払いします。納付書は6月中に送付されます。
調剤報酬改定で収益が大幅に減少する見込みがある場合、予定納税額の減額申請を検討できます。税理士に相談してください。
8月
夏期休暇で来局患者数が減少する可能性があります。この時期に、システムのメンテナンスや研修を行う薬局もあります。
医薬品の在庫管理と棚卸準備
お盆期間や夏期休業に伴う医薬品の仕入れ・販売計画を見直し、デッドストックや期限切れ医薬品が発生しないよう、定期的な在庫チェックと棚卸準備を行います。
医薬品の温度管理が重要なため、夏場の空調や冷蔵庫の点検も兼ねて、在庫の品質管理を徹底しましょう。
9月
秋になり、インフルエンザワクチン接種や季節性疾患の患者が増える可能性があります。医薬品の需要予測と発注計画が重要です。
固定資産税・都市計画税（第2期）納付
薬局の土地や建物にかかる固定資産税・都市計画税の第2期分の納付期限です。
償却資産の新規取得や除却があった場合は、翌年度の税額に影響します。固定資産台帳の正確性を確認しておきましょう。
住民税（第2期）納付
前年分の所得に応じた住民税の第2期分の納付期限です。
納税通知書に記載された金額と、実際の収入状況に大きな乖離がないか確認し、必要であれば税理士に相談しましょう。
10月
インフルエンザの流行期に入り、繁忙期となる薬局が多いです。経理業務と並行して、医薬品の安定供給に注力しましょう。
年末調整の準備開始
従業員がいる場合、年末調整に向けた準備を開始します。従業員からの扶養控除等申告書や生命保険料控除証明書等の回収を計画します。
薬剤師の離職や新規採用があった場合は、中途入社の年末調整や退職者の源泉徴収票発行も必要です。
インボイス制度対応状況の確認
医薬品卸からの仕入れやリース料、システム保守費用など、課税仕入れに対する適格請求書（インボイス）の受領状況を定期的に確認します。
保険調剤売上は非課税ですが、一般用医薬品販売など課税売上があればインボイス発行事業者としての義務も生じます。不明点は税理士に確認しましょう。
11月
年末にかけて医薬品の需要が高まります。医薬品の仕入れと在庫管理を徹底し、会計帳簿への正確な記録を心がけましょう。
所得税の予定納税（第2期）
所得税の予定納税の第2期分の納付期限です。第1期と同様に、納付書が送付されます。
年末にかけての医薬品仕入れや設備投資計画など、キャッシュフローを見据えた納税資金の確保が重要です。
12月
年末は繁忙期となる薬局が多く、経理業務が滞りがちです。早めに準備を進め、翌年の確定申告に備えましょう。
年末調整（従業員がいる場合）
従業員の給与から徴収した所得税の過不足を精算し、源泉徴収票を作成します。年内にすべての手続きを完了させましょう。
薬剤師の平均年収は比較的高いため、年末調整の計算ミスがないよう注意が必要です。
医薬品の期末棚卸準備
決算に向けて、保有する医薬品の棚卸しを計画し、実施します。期限切れ間近の医薬品の評価損計上も検討が必要です。
医薬品は高額で、種類も多いため、正確な棚卸が売上原価に大きく影響します。デッドストックや使用期限切れの医薬品は適切に評価しましょう。
年間まとめ
薬局・調剤薬局の年間税務は、調剤報酬改定、医薬品の在庫管理、高額な設備投資に伴う減価償却など、専門性が高い論点が多数存在します。保険調剤と一般用医薬品販売の売上区分、インボイス制度への対応、薬剤師の人件費管理も重要です。年間を通じて計画的に経理業務を進め、不明点は専門家である税理士に相談しながら、適切な税務処理を行いましょう。
確定申告に向けた準備スケジュール
医薬品の棚卸計画を策定し、固定資産台帳を更新。調剤レセコンや電子薬歴システムから年間売上データを抽出・整理。
売上（調剤報酬、OTC等）と経費（医薬品仕入高、人件費、リース料、消耗品費など）の勘定科目ごとの集計を開始。領収書や請求書の整理、不足分の確認。
会計帳簿の最終チェックを行い、未記帳取引や計上漏れがないか確認。特に期末棚卸の医薬品評価を確定させ、税理士との相談で疑問点を解消。
青色申告決算書や所得税確定申告書の作成に着手。e-Taxでの提出準備を進め、納税資金を確保。
プロのアドバイス
- 調剤報酬改定の影響を早期にシミュレーションし、会計システムの売上計上区分や収益予測に反映させましょう。特に地域支援体制加算の取得状況は収益に直結します。
- 医薬品の在庫管理は徹底し、デッドストックや期限切れ医薬品によるロスを最小限に抑えましょう。棚卸資産の評価を正確に行うことが、適正な売上原価算出につながります。
- 高額な自動分包機や電子薬歴システムなどの設備投資は、リース契約か購入かを慎重に検討し、減価償却費の計上漏れがないか定期的に確認しましょう。
- 保険調剤による非課税売上と、一般用医薬品（OTC）販売による課税売上を明確に区分し、消費税の計算ミスを防ぎましょう。仕入れ時の適格請求書（インボイス）の保存も忘れずに。
- 薬剤師の人件費は売上高に占める割合が大きい傾向にあります。給与計算の正確性はもちろん、採用活動や研修費用などの計上も適切に行い、人材投資の費用対効果を把握しましょう。
免責事項：この情報は一般的な参考情報であり、個別の税務判断を提供するものではありません。具体的な税務上の判断については、税理士等の専門家にご相談ください。