薬局・調剤薬局の確定申告準備チェックリスト【2026年版】

調剤レセプトコンピューターから、年間分の調剤報酬請求データおよび明細書を抽出・出力します。これは売上計上の根拠となります。

システムから出力する際は、総額だけでなく、保険調剤（非課税）と自費（課税）の区分が明確になるように確認しましょう。

医薬品卸売業者からの月ごとの請求書や納品書を全て整理し、仕入高の総額を確認します。インボイス制度対応の適格請求書であるか確認が必要です。

後発医薬品の導入状況や調剤報酬改定の影響で仕入額が変動しやすいため、詳細な分析が重要です。

従業員（薬剤師、事務員等）の給与台帳、源泉徴収票、社会保険料控除証明書などを確認し、人件費計上と年末調整の準備を行います。

薬剤師の人件費は高額になりがちです。給与明細と総勘定元帳の整合性を確認し、源泉徴収漏れがないかチェックしましょう。

自動分包機や電子薬歴システムなどの高額な設備に関するリース契約書や、自社所有の固定資産台帳を準備し、減価償却費計上の基礎資料とします。

リース契約は費用処理か資産計上かで税務上の扱いが変わります。契約内容を再確認し、適切な処理を行いましょう。

薬局の事業運営に必要な許可証や免許証の有効期限を確認し、更新が必要な場合は手続き状況を把握します。これらの書類は事業実態の証明となります。

薬機法遵守は経営の根幹です。税務とは直接関係ありませんが、事業継続の前提となるため、常に最新の状態を保ちましょう。

在宅医療を提供する薬局は、訪問記録（日時、患者名、移動経路）と、それに伴う交通費（ガソリン代、駐車場代など）の領収書を整理します。

在宅訪問にかかる交通費は、事業用と私用を明確に区分し、詳細な記録を残すことで税務調査時の説明責任を果たせます。

損益計算書、貸借対照表、製造原価報告書（該当する場合）、棚卸資産の内訳など、青色申告決算書を会計ソフトから出力し、内容を最終確認します。

棚卸資産の期末残高が正確に反映されているか、売上原価の計算に誤りがないか重点的に確認しましょう。

青色申告決算書の内容を基に、所得税の確定申告書を作成します。所得控除や税額控除の適用漏れがないか確認します。

国民年金保険料や小規模企業共済掛金、生命保険料など、事業主個人の控除も忘れずに計上しましょう。

課税売上高と課税仕入れ高、課税売上割合に基づき、消費税申告書を作成します。簡易課税制度を適用している場合はその旨を反映させます。

保険調剤売上は非課税売上です。課税売上割合が95%未満の場合、消費税の計算が複雑になります。正確な区分経理が不可欠です。

地域支援体制加算の取得要件を満たすための活動にかかった経費（研修費、在宅訪問関連費など）を再確認し、適切に計上されているか確認します。

加算要件を満たすための費用は、税務上も正しく経費として処理することが重要です。領収書や活動記録を明確にしておきましょう。

事業主自身や家族が利用した医療費控除や、特定一般用医薬品等購入費に係るセルフメディケーション税制の適用を検討します。

ご自身の薬局で購入した一般用医薬品も対象となる場合があります。購入記録やレシートを保管しておきましょう。