薬局・調剤薬局の税務・経理FAQ【2026年版】

医療用医薬品の仕入れは「仕入高」で計上します。一般用医薬品（OTC）も同様です。期末には適切に棚卸を行い、売上原価を算定することが重要です。特に期限切れ医薬品の評価損には注意が必要です。

薬剤師会の会費は、その性質により「諸会費」や「研修費」として計上可能です。ただし、個人的な親睦を目的とする部分があれば「交際費」となる場合もあります。会則や領収書で内容を確認し、適切に仕訳してください。

在宅訪問にかかる交通費は「旅費交通費」として経費計上可能です。訪問記録と紐付けて、いつ、誰が、どの患者宅へ、どのような目的で移動したかを明確に記録し、領収書を保管しておくことが重要です。

導入費用が10万円未満であれば「消耗品費」や「事務用品費」で一括計上、10万円以上であれば「ソフトウェア」として固定資産計上し、減価償却します。月額利用料は「リース料」または「支払手数料」として処理します。個別の税務判断は税理士にご相談ください。

自動分包機は「医療用機器」に分類され、法定耐用年数は8年です。購入費用が10万円以上であれば固定資産として計上し、定額法または定率法で減価償却費を計上します。中小企業者等の少額減価償却資産の特例（30万円未満）も活用を検討してください。個別の税務判断は税理士にご相談ください。

出典: 国税庁 耐用年数表

調剤棚やカウンター、待合室の椅子などの設備は「器具備品」に該当し、法定耐用年数は8年が一般的です。内装工事費用は「建物付属設備」または「建物（内装造作）」として、耐用年数10年程度で減価償却します。

出典: 国税庁 耐用年数表

医薬品保管用の冷蔵・冷凍庫は「電気冷蔵庫・冷凍庫」に該当し、法定耐用年数は6年です。高額な専門医薬品保管庫であれば、固定資産として計上し、適切な減価償却を行う必要があります。これも少額減価償却資産の特例の対象となり得ます。

出典: 国税庁 耐用年数表

医薬品の期末棚卸は、正確な売上原価を算出するために非常に重要です。期限切れ間近や廃棄予定の医薬品は、適正な評価損を計上できる場合があります。また、保険薬と一般用医薬品で在庫管理を区分し、それぞれ正確な数量と単価で評価することが求められます。個別の税務判断は税理士にご相談ください。

地域支援体制加算の取得に必要な研修参加費や地域活動費用は「研修費」「諸会費」「寄付金」などとして計上可能です。しかし、個別の判断が必要な場合もあるため、領収書や活動内容を明確にしておくことが重要です。個別の税務判断は税理士にご相談ください。

事業承継では、譲渡対象が個人事業か法人か、事業用資産の評価、のれん代の計上、消費税の課税関係など、複雑な税務問題が絡みます。特に高額な調剤機器や医薬品在庫の評価は重要です。必ず税理士やM&A専門家に相談してください。